Homicidios de Alberto Sánchez y Luis Alberto Rincón
Ocurridos en la vía a la vereda Cuesta Rica en el Playón, departamento de Santander, el 28 de noviembre de 1999. En mayo de 2000 se impone medida de aseguramiento de detención preventiva contra Orlando Sánchez Calderón, alias Camuro, José León Morales López, alias Chejo y Gregorio Castillo, alias Goyo, como presuntos responsables de estos homicidios.

Estación de Patascoy
El 21 de diciembre de 1997 una cuadrilla de 400 hombres del bloque sur de las FARC asaltó la base militar donde funcionaba la Estación de Comunicaciones del Ejército en el cerro de Patascoy, en límites entre Nariño y Putumayo, ocupada por integrantes del Batallón de Infantería Batalla de Boyacá. Murieron 22 soldados y 18 fueron retenidos por las FARC. La Unidad de Derechos Humanos de la Fiscalía abrió la instrucción sobre este caso en febrero de 1998 y vinculó mediante indagatoria a dos miembros de las FARC. Posteriormente fueron vinculados mediante indagatoria diez miembros de la dirigencia de las FARC, a saber, Luciano Marín, alias Iván Márques, Rodrigo Londoño, alias Timoleón Jiménez o Timochenco, Jorge Briceño Suárez, alias Mono Jojoy, Pedro Antonio Marín, alias Manuel Marulanda Vélez o Tirofijo, Guillermo León Saénz Vargas, alias Alfonso Cano, Milton de Jesús Toncel Redondo, alias Joaquin Gómez, José Benito Cabrera Cuevas, alias Fabián Ramírez, Luis Edgar Devia, alias Raúl Reyes, Luis Gonzalo Mavisoy Guatapotoy y otro individuo.

Masacre de Puracé
El 4 de noviembre de 1994 hombres fuertemente armados emboscaron tres patrullas que se dirigían hacia las minas de Chapio, en el municipio de Puracé, departamento del Cauca. Transitaba por el sitio donde tuvo lugar el ataque un bus del Colegio Don Bosco, y en la acción resultaron muertos un oficial, un suboficial, nueve agentes y dos estudiantes. Mediante resolución de febrero de 2000 la Fiscalía impuso medida de aseguramiento de detención preventiva en contra de Tiberio Serpa Diaz, alias Comandante Julio, del 6o. frente de las FARC, por los delitos de rebelión, terrorismo, homicidio con fines terroristas y lesiones personales con fines terroristas.

Grupo de practicantes religiosos gnósticos
En mayo de 1999 en el municipio de Puerto Rico, departamento del Caquetá, miembros de la columna Teófilo Forero de las FARC retuvieron a 17 personas, algunas pertenecientes a un grupo de practicantes religiosos gnósticos y otros residentes en la región. Entre ellos figuraban 4 menores que fueron dejados en libertad. Como lo reconociera directamente el comandante Laurentino, posteriormente 12 adultos fueron ejecutados. En febrero de este año la Unidad de Derechos Humanos de la Fiscalía impuso medida de aseguramiento consistente en detención preventiva en contra de Pedro Nel Daza, alias Laurentino, por los delitos de secuestro extorsivo y homicidio agravado.

Homicidio del Capitán Wilson Quintero y otros miembros de la Policía Nacional
El 23 de marzo de 1998 varios miembros del grupo antinarcóticos de la Policía Nacional fueron secuestrados por la guerrilla cuando acababan de efectuar una operación de combate al narcotráfico. Al escapar de su cautiverio fueron perseguidos, localizados y muertos en el Alto de las Cruces, departamento del Vichada, el 17 de septiembre de 1999. La Fiscalía General de la Nación dictó resulución en marzo del 2000 e impuso medida de aseguramiento de detención preventiva contra Nolberto Núñez en calidad de cómplice de homicidio agravado.

Homicidio del Padre Alcides Jiménez
En hechos ocuridos el 11 de septiembre de 1998 en Puerto Caicedo, departamento de Putumayo, fue asesinado el sacerdote Alcides Jiménez. En julio de 1999 la Fiscalía General de la Nación profirió apertura de instrucción y dictó orden de captura contra Arley Leal, comandante del frente 32 de las FARC. Por negligencia en la protección estatal se abrió otra investigación que se encuentra en indagación preliminar en el Despacho del Procurador. Dicho caso se encuentra ante el Comité Especial de Casos.

Masacre de Vigía del Fuerte Ocurrida el 25 de marzo de 2000 en el municipio de Vigía del Fuerte, departamento de Antioquia, región de Urabá, cuando 400 hombres armados y empleando pipetas de gas atacaron a la población.  En la acción se produjo la muerte de 21 miembros de la policía, así como del alcalde y su guardaespaldas y de otros 6 civiles, y el secuestro de 7 policías. Cuatro personas más resultaron heridas y fueron hurtadas varias armas. En abril se impuso medida de aseguramiento de detención preventiva contra Luis Fernando Zapata Hinestroza, quien formaba parte de la cuadrilla 34 de las FARC, como presunto coautor responsable de los delitos de homicidio múltiple con fines terroristas ejecutados en concurso con secuestro simple, hurto calificado y agravado, daño en bien ajeno y rebelión.