Investigadores del CINEP El 19 de mayo de 1997 fueron asesinados los investigadores del Centro de Investigaciones y Educación Popular, CINEP, Mario Calderón y Elsa Alvarado por parte de un grupo de cinco hombres que ingresaron a su vivienda. Además fue asesinado el padre y herida la madre de una de las víctimas. La Fiscalía General de la Nación dictó medida de aseguramiento de detención preventiva sin beneficio de excarcelación contra Alexander Londoño alias "El Zarco" y Edwar Melguizo Londoño como presuntos autores materiales del hacho. Se encuentra pendiente de tomar una decisión de fondo en relación con los procesos Fidel y Carlos Castaño Gil -líderes de las autodefensas-. La Fiscalía así mismo, profirió resolución de acusación contra cinco particulares como presuntos coautores del concurso de delitos de homicidio agravado, tentativa de homicidio, porte ilegal de armas de defensa personal, hurto agravado y utilización ilícita de radiocomunicaciones. Seis personas están detenidas.  Masacre de Segovia El 11 de septiembre de 1988 aproximadamente hacia las once de la noche, un numeroso grupo de hombres armados que se movilizaban en cuatro camperos entraron al casco urbano del municipio de Segovia, departamento de Antioquia y abrieron fuego contra la población. Ingresaron a varios establecimientos disparando contra quienes se encontraban allí. El saldo de esta incursión fue de 43 muertos y 45 heridos. La Fiscalía Regional de Santafé de Bogotá, adelantó la investigación. Mediante resolución del 29 de diciembre de 1994 se dictó resolución de acusación contra particulares y cinco miembros de la Fuerza Pública. El consejo Superior de la Judicatura en providencia del 18 de febrero de 1997 se pronunció sobre un conflicto de competencias entre la Justicia Penal Militar y la Justicia Penal Ordinaria y dispuso que los delitos de concierto para delinquir, homicidio y lesiones con fines terroristas fueran de conocimiento de la Justicia Penal Militar, indicando expresamente que el hecho punible de terrorismo presuntamente cometido por los militares era competencia de la Justicia Penal Ordinaria. El 31 de marzo de 1998 un Juez Regional de Santafé de Bogotá profirió sentencia condenatoria de 18 años de prisión en contra de los siguientes oficiales: Mayor Marco Hernando Baéz Garzón, Tenientes Alejendro Londoño Tamayo y Edgardo Hernández y los Capitanes Hugo Valencia y Jorge Chacón, como autores del delito de terrorismo; 28 años contra Francisco de Jesús Monsalve, Jorge Otoniel Uribe y Marco Antonio Ruiz Villalba y 30 años contra Carlos Mario Ruiz en apelación el el Tribunal Superior Nacional, el cual no se ha pronunciado. En relación con la investigación adelantada por la Justicia Penal Militar, el Tribunal Superior Militar confirmó el 25 de noviembre de 1998 la providencia del Juez 129 de Instrucción Penal Militar de la XVI Brigada, en la que se abstuvo de decretar medida de aseguramiento por falta de mérito probatorio. Masacre de Mapiripán El 14 de julio de 1997 un grupo armado perteneciente a las Autodefensas Unidas de Colombia, asesinaron a un número no determinado de personas en el municipio de Mapiripán, en el departamento del Meta, acusándolas de ser guerrilleros o auxiliares de grupos subversivos que operan en la región. La Fiscalía General de la Nación ha adoptado las siguientes desiciones: imponer medida de aseguramiento de detención preventiva sin beneficio de excarcelación contra un coronel del Ejército como presunto autor de los delitos de concierto para delinquir, omisión en secuestro agravado, homicidio agravado y terrorismo y contra el Brigadier General Jaime Humberto Uscátegui por los delitos de homicidio, secuestro agravado y falsead ideológica en documento público. Se dictó resolución en contra de Carlos Castaño Gil -líder de las autodefensas- como autor intelectual de los hechos, contra cinco particulares, entre ellos dos pilotos y contra dos suboficiales del Ejército, como presuntos autores del delito de conformación de grupos paramilitares. Hay 9 detenidos. La Procuraduría General de la Nación mediante decisión del 7 de abril de 1999 profirió cargos disciplinarios en contra de tres oficiales del Ejército, el Secretario de Gobierno del Guaviare, al Alcalde, el registrador municipal, el Inspector de Policía y el Personero del municipio de Mapiripán. Masacre de Puerto Alvira El 4 de mayo de 1999, un grupo armado perteneciente a las Autodefensas Unidas de Colombia, incursionaron en el corregimiento de Puerto Alvira, municipio de Mapiripán, departamento del Meta, asesinaron a un número no determinado de personas, quemaron viviendas, ocasionaron otros daños y a los pobladores. El proceso penal se encuentra en la Unidad de Derechos Humanos de la Fiscalía General de la Nación en etapa de instrucción. Se ha vinculado al proceso a siete personas, declaradas reos ausentes y se les la librado de órdenes de captura como presuntos autores de los delitos de concierto para delinquir, homicidio agravado conformacion de grupos paramilitares, entre otros. A su turno el Procurador General de la Nación ordenó la apertura de investigación disciplinaria contra cuatro generales de la República entre ellos, dos comandantes de División, un Coronel del Ejército y dos oficiales de la Policía por posible negligencia para evitar la masacre cometida por las autodefensas.