Los jerarcas, sacerdotes, miembros de comunidades religiosas y misioneros están siendo víctimas de asesinatos, secuestros y amenazas, y las iglesias atacadas por parte de los actores armados irregulares en medio de la degradación del conflicto colombiano. Esta situación se suma a la condición de otros sectores de colombianos: autoridades gubernamentales, líderes comunitarios, sindicalistas, periodistas, defensores de los derechos humanos, grupos indígenas y comunidades afrocolombianas. Las violaciones contra la vida y libertad de los religiosos como personas también atentan contra otros derechos como el de expresión, pensamiento y no solo de los religiosos como persona, sino de la sociedad colombiana en general. Los actores del conflicto consideran a sacerdotes y misioneros como líderes sociales y buscan con estas prácticas ejercer intimidación sobre las comunidades donde los religiosos desempeñan sus labores pastorales. Además, los templos están siendo objeto de irrespeto y ataques. Estas acciones son prohibidas en las prácticas de guerra y constituyen evidentes infracciones al DIH.

Religiosos y misioneros de las distintas iglesias se desempeñan como protectores de las comunidades y defensores de sus derechos, a la vez que realizan tareas humanitarias; esto los hace vulnerables en las regiones afectadas por el conflicto. En particular, el papel asumido por la Iglesia Católica en el marco del proceso de conciliación iniciado por la Conferencia Episcopal desde 1997 ha acentuado la situación. La Iglesia Católica y las comunidades religiosas actúan como catalizadores del conflicto y facilitadores de la paz lo cual incide en su descalificación por los violentos. También, dentro de su natural misión pastoral, participan con acciones humanitarias en la protección y atención de las víctimas, el alivio de las consecuencias del conflicto y el desplazamiento -Pastoral Social dedica especiales esfuerzos al problema del desplazamiento-. Muchos sacerdotes se convierten en defensores de los derechos humanos. El ataque a los prelados tiene un hondo significado en el país por la mayoría católica y la tradición de la Iglesia.

Los ataques a los religiosos y la afectación de los templos muestran la manera constante en que son infringidos los principios y disposiciones del DIH, tales como la distinción entre las personas que toman parte en las hostilidades y la población civil, y la protección de bienes civiles y religiosos. Su protección está consagrada en el Protocolo II adicional a los Convenios de Ginebra del 12 de agosto de 1949 relativo a la protección de las víctimas de los conflictos armados sin carácter internacional del cual Colombia hace parte.

En el Artículo 9 "El personal ....y religioso será respetado y protegido. Se le proporcionará toda la ayuda disponible para el desempeño de sus funciones y no se le obligará a realizar tareas que no sean compatibles con su misión humanitaria". El Artículo 14 protege los lugares de culto de los de la confrontación armada. "...queda prohibido cometer actos de hostilidad dirigidos contra .....los lugares de culto que constituyen el patrimonio .. espiritual de los pueblos y utilizarlos en apoyo del esfuerzo militar".

El Gobierno Nacional viene insistiendo en el cumplimiento del Derecho Internacional Humanitario por parte de los actores armados en el conflicto: clama por el respeto por los civiles, los religiosos y los lugares de culto.
También el Gobierno y el Estado colombiano, en cumplimiento de su obligación de proteger los derechos de los colombianos y a las poblaciones especialmente vulnerables, han atendido solicitudes de protección de miembros de comunidades religiosas amenazados a través de su Programa de Protección a líderes sociales y organizaciones no gubernamentales en razón del nivel de riesgo en que se encuentran. Desde 2001 el Programa ha brindado medidas de protección a Pastoral Social de Cáritas en el Meta atendiendo la organización con medios de comunicación, apoyo a transporte, blindaje a la sede así como a un sacerdote mediante apoyo de transporte y ayudas humanitarias. Se atiende a la Pastoral Social de Neiva con medios de comunicación para la organización y para uno de sus miembros y a la Pastoral Social de Bucaramanga, con equipos de comunicación destinados a cuatro personas vinculadas a la organización.

La Policía Nacional, de otra parte, para suministrar garantías de seguridad al personal religioso, en apoyo a los esfuerzos de las comunidades religiosas y convocando la solidaridad ciudadana, creó los Frentes Parroquiales de Seguridad, integrados por los vecinos de las parroquias, cuyo objetivo es dar aviso oportuno a las autoridades para salvaguardar la vida de vicarios y sacerdotes. Actualmente, los Frentes Parroquiales están operando en 20 departamentos