Hacienda Bellacruz El 14 de febrero de 1996, un grupo de cuarenta miembros de las autodefensas expulsó por la fuerza a 170 familias campesinas que ocupaban desde hacía varios años 2.000 hectáreas de la hacienda Bellacruz, una de las más grandes en el sur del Cesar. Tres líderes campesinos, Eder Narvaéz, Eliseo Narvaéz y Ciro Bottello, fueron asesinados. La Fiscalía General de la Nación dictó medida de aseguramiento y detención preventiva sin beneficio de excarcelación como presuntos responsables al ex ministro y ex embajador Carlos Arturo Marulanda, a su hermano Francisco Alberto, detenido en Barranquilla, y al administrador de la hacienda, Edgar Rodríguez Rodríguez, por los delitos de paramilitarismo, homicidio y terrorismo. Cursa en la Procuraduría Delegada de las Fuerzas Militares un proceso, actualmente en indagación preliminar, orientado a investigar la colaboración de miembros del Ejército con grupos de autodefensa que hostigaron a la población.  Sindicalista Jorge Luis Ortega García El 20 de octubre de 1998 fue asesinado el Vicepresidente de la Central Unitaria de Trabajadores de Colombia, CUT, Jorge Luis Ortega García, cuando regresaba a su residencia en Santafé de Bogotá D.C. La investigación por el homicidio es adelantada por la Unidad Nacional de Derechos Humanos de la Fiscalía General de la Nación. Fueron vinculados dos particulares en calidad de reos ausentes por el delito de homicidio con fines terroristas. Igualmente fue vinculado Manuel Antonio Díaz Bustos, testigo de los hechos, asesinado luego en la Cárcel Nacional Modelo el 5 de agosto de 1998. En relación con esta muerte, la Procuraduría adelanta una investigación contra el fiscal por negligencia, y contra los funcionarios que lo custodiaban. Indigenistas norteamericanos El 25 de febrero de 1999, en el municipio de Saravena, departamento de Arauca, fueron asesinados los indigenistas norteamericanos Ingrid Wasshinawato, K. Terence Freitas y Gay Lahence Larry, quienes realizaban labores de acompañamiento a la comunidad indígena U'wa. La autoría de este triple homicidio fue reconocida públicamente por la guerrilla de las FARC. La Fiscalía General de la Nación ordenó vincular al proceso a Gustavo Bocota Aguablanca, alias "Tibisu", y a Germán Briceño Suárez, alias "Grannobles", comandante del Bloque Oriental de las FARC, por los delitos de secuestro agravado, homicidio agravado, hurto agravado y rebelión. En operaciones militares del Ejército resultaron muertos los subversivos "Rogelio" y "Robledo", comprometidos en el secuestro de los indigenistas, según información de Inteligencia Militar. Masacre de La Ceja El 27 de septiembre de 1998 fueron asesinadas aproximadamente siete personas en el barrio Palenque, municipio de La Ceja, Departamento de Antioquia al parecer por un grupo de justicia privada denominado "Limpieza Social". La Fiscalía General de la Nación profirió resolución de acusación contra nueve sindicados y actualmente el proceso se encuentra en etapa del juicio. En otro proceso por los mismos hechos, la Fiscalía vinculó a otras once personas que se encuentran detenidas como presuntos autores de los delitos de homicidio y conformación de "grupos paramilitares". Por su parte, la Procuraduría General de la Nación mediante decisión del 5 de octubre de 1998 ordenó la apertura de investigación disciplinaria contra nueve miembros del Ejército Nacional; diecisiete miembros de la Policía Nacional; el presidente del concejo municipal de Rionegro y un ex alcalde del municipio de Guarne.